Mit dem Shogunat werden die Zeitabschnitte der japanischen Geschichte bezeichnet, in den die Regierungsgewalt statt vom Tenno, von Shogunen ausgeübt wurde. Im Prinzip handelt es sich dabei um eine Militärregierung.
Von 1185 bis 1333 führte das Kamakura-Shogunat. Der schwache Tenno ernannte Minamoto no Yorimoto zum Seji Taishogun, ein Titel, der später vererbt wurde. Japan wurde von den Shogunen aus Kamakura regiert. Shugo, später Daimyo, sicherten die Aufsicht der Provinzen. Nach den mongolischen Invasionsversuchen verlagerten sich die Machtverhältnisse wieder zum Tenno. Legitime, jedoch nicht erbberechtigte Kinder verschiedener Tennos wurden der Familie Minamoto zugeordnet.
1333-1336 Kemmu-Restauration. Der Tenno versuchte erfolglos die Kaiserherrschaft wieder herzustellen, verursachte dabei jedoch die Spaltung des Kaiserhofes, die 60 Jahre andauerte.
1338-1573 Das Muromachi- bzw. Ashikaga-Shogunat übernahm die Macht, konnte sie aber nicht festigen. In der Folge zersplitterte die Macht, viele Kriege und Schlachten waren die Folge.
1573-1603 In der Azuchi-Monoyama-Zeit konnten die Provinzen wieder zusammengeführt werden, die Samurai bekamen mehr Macht.
1603-1867 Tokugawa- oder Edo-Shogunat. Nach der Befriedung des Landes und dem weitreichenden Einreiseverbot für Ausländer isolierte sich Japan bis zur erzwungenen Öffnung durch die Amerikaner 1853.
1868 beendete die Schlacht von Toba-Fushimi zwischen dem letzten Shogun und dem Tenno Meiji das Shogunat. Die Autorität des Shogunat hatte in den letzten 15 Jahren (Bakumatsu) durch die Öffnung nachgelassen.
Daimyo waren Stellvertreter des Shogun in den jeweiligen Provinzen und wurden mit Grundbesitz ausgestattet. Um zu verhindern, das die Daimyo allzu große Selbständigkeit erlangten, mussten sie in der Edo-Zeit ihre Familien als Geisel beim Shogun lassen und wurden regelmäßig zur Berichterstattung in die Hauptstadt zitiert. Je nach dem Verhältnis der Daimyo zum Tokugawa-Shogunat wurden sie in verschiedene Klassen eingeteilt. Die unterste Schicht (Tozama-Daimyo), die kein Amt im Shogunat erhielten, löste auch den Staatsstreich nach der Öffnung Japans aus.